มัสยิดกมาลุลอิสลาม ทรายกองดิน เป็นมัสยิดที่เก่าแก่มีประวัติความเป็นมายาวนานเกือบ 200 ปี บรรพบุรุษของชาวมุสลิมในบริเวณนี้อพยพมาจากรัฐไทรบุรีทางตอนใต้ของประเทศไทย ในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 ชุมชนบริเวณนี้แต่เดิมประกอบอาชีพเกษตรกรรม คือ การทำนาในที่ดินถากถางป่ารกร้างจนกลายเป็นเถือกสวนไร่นา

ในสมัยรัชกาลที่ 5 สมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ได้ทรงเสด็จประพาสคลองแสนแสบโดยเรือยอร์ดชัยยา เมื่อปี พ.ศ. 2450 พระองค์ได้ทรงแวะมาเยี่ยมเยียนมัสยิด ซึ่งขณะนั้นยังคงเป็นเรือนไม้หลังเล็กๆ และมีกองทราย กองดิน กองใหญ่วางเตรียมไว้สำหรับสร้างอาคาร พระองค์จึงตรัสถามว่า กองทรายกองดินเหล่านี้มีไว้ทำไม และได้รับคำตอบว่า เพื่อสร้างมัสยิด นับแต่นั้นเป็นต้นมาชาวบ้านจึงเรียกมัสยิดแห่งนี้ว่า สุเหร่าทรายกองดิน

ในสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช รัชกาลที่ 9 วันที่ 20 กันยายน 2537 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารี เสด็จประพาสคลองแสนแสบ พระองค์ท่านได้ทรงพระราชทานต้นตะแบกและปล่อยปลาที่หน้ามัสยิด เพื่ออนุรักษ์พันธุ์ปลาและรักษาสิ่งแวดล้อม ทำให้ วันที่ 20 กันยายน ของทุกๆ ปี เป็นวันอนุรักษ์คูคลองแห่งชาติ และทำให้ชาวชุมชนแห่งนี้ได้รำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณอันยิ่งใหญ่ที่งอกงามอยู่ในใจเหล่าพสกนิกรเฉกเช่นเดียวกับดอกตะแบกนี้ที่กำลังชุช่อเบ่งบานอย่างสวยงามเป็นที่สุด

อาคารมัสยิดปัจจุบันได้สร้างเป็นอาคารหลังใหม่ รอบอาคารมัสยิดเดิมซึ่งมีอายุกว่า 200 ปี มัสยิดได้ปรับปรุงอาคารมัสยิดใหม่โดยอนุรักษ์ของเดิมเอาไว้ให้ได้มากที่สุด หลังคาของตัวอาคารเดิมที่มุงด้วยกระเบื้องเก่าแก่โบราณสู้แดดสู้ฝนมานับร้อยปี พื้นอาคารสั่งทำพิเศษ